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Este estudio integra datos multi-ómicos del córtex prefrontal dorsolateral para revelar que la enfermedad de Alzheimer se caracteriza por una desregulación metabólica sistémica que provoca una reducción coordinada de las vías productoras de energía, como el ciclo de Krebs y la fosforilación oxidativa, contribuyendo así a los déficits bioenergéticos de la enfermedad.
El modelo TwinCell, un modelo causal celular de gran escala entrenado con datos de líneas celulares, supera a los métodos existentes en la identificación de dianas terapéuticas al generalizar a tipos celulares derivados de pacientes y ofrecer interpretaciones biológicas significativas mediante la descomposición de probabilidades en un interactoma multiómico, validado mediante el marco TwinBench y demostrando su eficacia en la recuperación de dianas clínicas y mecanismos de enfermedades sin supervisión específica.
Este estudio del consorcio MoTrPAC revela que el ejercicio de resistencia y de fuerza induce respuestas moleculares temporales distintas en el músculo esquelético humano, donde cambios epigenéticos, fosfoproteicos y metabólicos preceden a las alteraciones en la transcripción y la traducción, convergiendo en la regulación de procesos como la autofagia y el metabolismo.
Este estudio identifica a la ribósido de ácido nicotínico (NaR) como un metabolito circulante controlado por el reloj circadiano hepático que, al interactuar con el complejo prefoldina, regula la respuesta de proteínas desplegadas y la adipogénesis de manera dependiente del tiempo, vinculando así la señalización metabólica sistémica con la fisiología tisular.
Este estudio presenta dAMN, un modelo híbrido neural-mecanístico que integra redes neuronales con análisis de balance de flujo dinámico a escala genómica para predecir con alta precisión las curvas de crecimiento bacteriano y la dinámica de agotamiento de sustratos en diversos entornos nutricionales, superando las limitaciones de los modelos tradicionales al incluir una fase de latencia realista.
El consorcio MoTrPAC estableció un marco exitoso para investigar las bases moleculares de los beneficios para la salud del ejercicio, demostrando que tanto el entrenamiento de resistencia como el de fuerza inducen respuestas fisiológicas y metabólicas agudas y crónicas distintas en participantes sanos mediante la recolección efectiva de muestras biológicas.
Este artículo presenta un marco de inferencia basado en simulación utilizando estimación neuronal de la posterior para calibrar modelos estocásticos de migración celular en ensayos de barrera, permitiendo inferir parámetros biológicos directamente a partir de datos espaciales crudos o estadísticos resumidos sin depender de aproximaciones de verosimilitud o especificaciones de ruido erróneas.
Este estudio integra análisis multi-ómicos y multi-trait para priorizar mecanismos regulatorios y genes candidatos en la enfermedad hepática esteatótica asociada a disfunción metabólica (MASLD), validando experimentalmente el papel de MLIP en el metabolismo lipídico y ofreciendo un portal web interactivo como recurso para la comunidad científica.
Este estudio demuestra que el envejecimiento renal provoca fibrosis principalmente al reducir la degradación de la matriz extracelular, lo que resulta en una renovación deficiente de la membrana basal y alteraciones estructurales que afectan la interacción celular.
Este estudio compara tres marcos computacionales para inferir el metabolismo a partir de datos de transcriptómica de células individuales en glioblastoma, revelando que los macrófagos asociados a tumores son la población dominante en el microambiente tumoral y un objetivo terapéutico prometedor debido a su papel central en el metabolismo lipídico y la biosíntesis de nucleótidos.
Este artículo presenta una taxonomía de problemas de control en redes booleanas para explicar las discrepancias entre herramientas computacionales existentes, propone un marco de evaluación comparativa y desarrolla una métrica unificada, la puntuación de co-ocurrencia de mutaciones, para priorizar objetivos terapéuticos de manera más fiable.
Mediante el uso de la plataforma Hi-DFA, este estudio revela que la historia de estrés previo induce un estado transitorio de tolerancia en células bacterianas que resucitan, el cual es el principal impulsor de la supervivencia a antibióticos {beta}-lactámicos y del rápido rebrote poblacional bajo regímenes de dosificación subóptimos.
El estudio revela que los correceptores en la vía de señalización de TGFβ actúan predominantemente como inhibidores que modulan la competencia entre ligandos, permitiendo a las células reconfigurar dinámicamente sus paisajes de señalización mediante la expresión variable de un solo gen.
Este artículo presenta la Teoría Generalizada de la Morfogénesis, un marco de modelado basado en una formulación de flujo-inercia que unifica dinámicas a través de escalas y valida empíricamente su capacidad para describir sistemas disipativos desde el crecimiento de cultivos hasta la transcriptómica molecular.
Este artículo presenta un marco matemático unificado para comparar métodos de modelado de redes biológicas de muestra única, revelando una compensación crítica entre precisión y especificidad que sugiere la necesidad de sinergias metodológicas para mejorar la inferencia de redes específicas de cada muestra.
AOPGraphExplorer 2.0 es una plataforma interactiva basada en grafos que integra anotaciones mecanísticas de múltiples dominios y recursos biomédicos externos para facilitar la visualización, el análisis y la exploración de redes de Vías de Resultado Adverso (AOP) derivadas de AOP-Wiki, apoyando así la toma de decisiones en toxicología y evaluación de riesgos.
Utilizando un modelo de levadura y un pipeline robótico que generó 90 millones de imágenes 3D de células individuales, este estudio mapea el remodelado del proteoma durante el envejecimiento y revela que los determinantes estructurales biofísicos codifican un principio intrínseco que gobierna la desorganización espacial de las proteínas a lo largo de la vida.
Este estudio utiliza proteómica espacial de una sola célula en levadura para revelar cómo la desorganización espacial de proteínas vincula molecularmente las distintas características del envejecimiento, identificando una secuencia jerárquica de fallos celulares que precede al deterioro general y que es altamente conservada en humanos.
Este estudio demuestra que la suplementación con vitamina D en ratas expuestas al vapeo reduce los marcadores de inflamación y coagulación, disminuye los niveles de nicotina y cotinina, y mitiga parcialmente el daño pulmonar, aunque no elimina completamente la neumonía.
Este estudio retrospectivo en receptores de trasplante cardíaco demuestra que la edad avanzada se asocia con una menor probabilidad de rechazo del injerto y con cambios transcriptómicos específicos en las células inmunitarias que reflejan inmunosenescencia, lo que respalda la necesidad de un enfoque personalizado para la inmunosupresión en una población que envejece.